Windows Updateによる更新プログラム適用について、コントロールパネルより設定を変更できますが、
下の画像のように、設定項目がグレーアウトして設定できない状態になっていることがございます。

その場合は、「ローカルグループポリシー」でWindows Updateについての設定を変更することで、
設定できるようになります。
（画面はWSS2012R2ですが、WSS2012・WSS2008でも同様の操作になります。）

１．キーボードで「Windows」キー＋「R」キーを同時に押して、
　　「ファイル名を指定して実行」画面を表示します。

２．「名前」欄に『gpedit.msc』と入力して「OK」ボタンをクリックします。

３．「ローカルグループポリシーエディター」が開きます。

４．左ペインで「コンピューターの構成」内の
　　「管理用テンプレート」－「Windowsコンポーネント」－「Windows Update」と
　　表示された項目をダブルクリックしていき、右ペインに表示された項目の内、
　　「自動更新を構成する」上で右クリックし、
　　表示されたメニューから「編集」をクリックします。

５．「自動更新を構成する」画面が開きますので、「オプション」内「自動更新の構成」のドロップリストから、
　　「5-ローカルの管理者の設定選択を許可」を選択し、「OK」ボタンをクリックします。

６．改めてコントロールパネルよりWindows Updateへアクセスして頂くと、
設定項目が選択できるようになっています。